特殊なギミックでボスを倒すことができる
『メトロイドドレッド』のボスには特殊ギミックが用意されている。決めれば一撃で倒すことができボス戦にかかる時間を大幅に減らすことができる。
クレイド
モーフボールランチャーで体内に入る
モーフボールランチャー ランチャー勢いよくと飛び出すサムス 
クレイドのお腹の中へ
クレイドは第2フェーズ、画面左下に隠されているモーフボールランチャーに入れば一撃で倒すことが可能。ボムをクレイドと戦う前までに入手しておく必要があるため、通常とは異なるルートでの攻略が前提になっている。
ドロギーガ
HP調整で攻撃方法を制御する
ドロギーガには特殊な倒し方は発見されていない。ただし与えるダメージの調整をすることで、第2フェーズの攻撃パターンを制御することが可能。ドロギーガはおよそミサイル20発で倒せるので1回目のダウン時にミサイルを7発。2回目のダウン時にカウンターと合わせて残りを撃ち込めば撃破ができる。
倒した時に入手できるアイテムがないボスのためかドロギーガとの戦いは避けることが可能。ドロギーガのいる部屋の右下にあるエネルギーステーション付近にある爆破ブロックをディフュージョンビームで破壊しよう。
ロボット鳥人兵士
スクリューアタックで簡単撃破
ロボット鳥人兵士は機械なのでスクリューアタックに非常に弱い。スクリューアタックを8回当てれば簡単に倒すことができる。
エスキュー
開幕のシャインスパークとスクリューアタック
エスキューはシャインスパークとスクリューアタックで簡単に倒すことができる。ボスの部屋に入る前からダッシュ。シャインスパーク準備状態にしておきエスキューが現れたと同時にシャインスパークで体当たり。スクリューアタックを6回当てると第1形態が終わりコアが露出。あとはスクリューアタックを3回決めれば倒せる。
実験体Z-57
シャインスパークで体当たり
実験体Z-57は第2フェーズにワンヒットヒルが可能。サムスが壁に吸い込まれている時にスピードブースターを使い加速。吸い込みが終わる直前にシャインスパーク準備状態にして左側の壁をキッククライムで上る。あとはZ-57に向かってシャインスパークを決めれば一撃で倒すことができる。