目次
セントラルユニット
セントラルユニットは各エリアに存在するE.M.M.I(エミー)ゾーンのボス。破壊し吸収することでオメガキャノンへ一時的にアップグレードができる。
第1フェーズ
炎リングとビームを避けながら本体を攻撃
炎のリング 
ビーム
炎のリングや天井と壁に張り付いて砲台からビームを飛ばしてくるのがセントラルユニットの攻撃方法。弾速は遅いので避けながら固定されている本体に向かってミサイルやチャージビームを撃ち込もう。
第2フェーズ
露出したコアに続けてダメージを与える
一定ダメージを当てるとアーマーが剥がれ中身がむき出しに。攻撃方法に特に変化はないので続けてミサイルやチャージビームを撃ち込めば倒せる。
ボス撃破後に入手できるもの
セントラルユニットを倒したらサムスが吸収しオメガキャノンへ一時的にアップグレードされる。この状態になったらE.M.M.I(エミー)を倒しに向かおう。倒すと元に戻る。